5 数据操作

目前， R 语言在数据操作方面陆续出现三套工具，最早的是 Base R（1997 年 4月），之后是 data.table（2006年4月）和 dplyr（2014 年1月）。下面将从世界银行下载的原始数据开始，以各种数据操作及其组合串联起来介绍，完成数据探查的工作。

5.1 操作工具

本节所用数据来自世界银行，介绍 Base R、data.table、dplyr 的简介、特点、对比

5.1.1 Base R

在 data.frame 的基础上，提供一系列辅助函数实现各类数据操作。

aggregate(iris, Sepal.Length ~ Species, FUN = length)

     Species Sepal.Length
1     setosa           50
2 versicolor           50
3  virginica           50

5.1.2 data.table

data.table 包在 Base R 的基础上，扩展和加强了原有函数的功能，提供一套完整的链式操作语法。

library(data.table)
iris_dt <- as.data.table(iris)
iris_dt[ ,.(cnt = length(Sepal.Length)) , by = "Species"]

      Species cnt
1:     setosa  50
2: versicolor  50
3:  virginica  50

5.1.3 dplyr

dplyr 包提供一套全新的数据操作语法，与 purrr 包和 tidyr 包一起形成完备的数据操作功能。在 R 环境下，dplyr 包提供一套等价的表示，代码如下：

iris |> 
  dplyr::group_by(Species) |> 
  dplyr::count()

# A tibble: 3 × 2
# Groups:   Species [3]
  Species        n
  <fct>      <int>
1 setosa        50
2 versicolor    50
3 virginica     50

5.1.4 SQL

实际工作中，SQL （结构化查询语言）是必不可少的基础性工具，比如 SQLite、 Hive 和 Spark 等都提供基于 SQL 的数据查询引擎，没有重点介绍 SQL 操作是因为本书以 R 语言为数据分析的主要工具，而不是它不重要。以 dplyr 来说吧，它的诸多语义动词就是对标 SQL 的。

library(DBI)
conn <- DBI::dbConnect(RSQLite::SQLite(),
  dbname = system.file("db", "datasets.sqlite", package = "RSQLite")
)

按 Species 分组统计数据条数， SQL 查询语句如下：

SELECT COUNT(1) AS cnt, Species
FROM iris
GROUP BY Species;

SQL 代码执行的结果如下：

iris_preview

  cnt    Species
1  50     setosa
2  50 versicolor
3  50  virginica

dplyr 包能连接数据库，以上 SQL 代码也可以翻译成等价的 dplyr 语句。

dplyr::tbl(conn, "iris") |> 
  dplyr::group_by(Species) |> 
  dplyr::count()

# Source:   SQL [3 x 2]
# Database: sqlite 3.41.2 [/usr/local/lib/R/library/RSQLite/db/datasets.sqlite]
# Groups:   Species
  Species        n
  <chr>      <int>
1 setosa        50
2 versicolor    50
3 virginica     50

dplyr 包的函数 show_query() 可以将 dplyr 语句转化为查询语句，这有助于排错。

dplyr::tbl(conn, "iris") |> 
  dplyr::group_by(Species) |> 
  dplyr::count() |> 
  dplyr::show_query()

<SQL>
SELECT `Species`, COUNT(*) AS `n`
FROM `iris`
GROUP BY `Species`

glue 包可以使用 R 环境中的变量，相比于 sprintf() 函数，可以组合更大型的 SQL 语句，这在生产环境中广泛使用。

# R 环境中的变量
group <- "Species"
# 组合 SQL
query <- glue::glue("
  SELECT COUNT(1) AS cnt, Species
  FROM iris
  GROUP BY ({group})
")
# 将 SQL 语句传递给数据库，执行 SQL 语句
DBI::dbGetQuery(conn, query)

  cnt    Species
1  50     setosa
2  50 versicolor
3  50  virginica

用完后，关闭连接通道。

dbDisconnect(conn = conn)

更多关于 SQL 语句的使用介绍见书籍《Become a SELECT star》。

5.2 Base R 操作

介绍最核心的 Base R 数据操作，如筛选、排序、变换、聚合、重塑等

5.2.1 筛选

筛选操作可以用函数 subset() 或 [ 实现

subset(iris, subset = Species == "setosa" & Sepal.Length > 5.5, select = c("Sepal.Length", "Sepal.Width"))

   Sepal.Length Sepal.Width
15          5.8         4.0
16          5.7         4.4
19          5.7         3.8

iris[iris$Species == "setosa" & iris$Sepal.Length > 5.5, c("Sepal.Length", "Sepal.Width")]

   Sepal.Length Sepal.Width
15          5.8         4.0
16          5.7         4.4
19          5.7         3.8

5.2.2 变换

变换操作可以用函数 within()/transform() 实现。最常见的变换操作是类型转化，比如从字符串型转为因子型、整型或日期型等。

# iris2 <- transform(iris, Species_N = as.integer(Species))[1:3, ]
iris2 <- within(iris, {
  Species_N <- as.integer(Species)
})
str(iris2)

'data.frame':   150 obs. of  6 variables:
 $ Sepal.Length: num  5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ...
 $ Sepal.Width : num  3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 3.1 ...
 $ Petal.Length: num  1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
 $ Petal.Width : num  0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ...
 $ Species     : Factor w/ 3 levels "setosa","versicolor",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Species_N   : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

5.2.3 排序

排序操作可以用函数 order() 实现

iris[order(iris$Sepal.Length, decreasing = FALSE)[1:3], ]

   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
14          4.3         3.0          1.1         0.1  setosa
9           4.4         2.9          1.4         0.2  setosa
39          4.4         3.0          1.3         0.2  setosa

5.2.4 聚合

聚合操作可以用函数 aggregate() 实现

aggregate(iris, Sepal.Length ~ Species, mean)

     Species Sepal.Length
1     setosa        5.006
2 versicolor        5.936
3  virginica        6.588

5.2.5 合并

两个数据框的合并操作可以用函数 merge() 实现

df1 <- data.frame(a1 = c(1, 2, 3), a2 = c("A", "B", "C"))
df2 <- data.frame(b1 = c(2, 3, 4), b2 = c("A", "B", "D"))
# LEFT JOIN
merge(x = df1, y = df2, by.x = "a2", by.y = "b2", all.x = TRUE)

# RIGHT JOIN
merge(x = df1, y = df2, by.x = "a2", by.y = "b2", all.y = TRUE)

# INNER JOIN
merge(x = df1, y = df2, by.x = "a2", by.y = "b2", all = FALSE)

  a2 a1 b1
1  A  1  2
2  B  2  3

# FULL JOIN
merge(x = df1, y = df2, by.x = "a2", by.y = "b2", all = TRUE)

  a2 a1 b1
1  A  1  2
2  B  2  3
3  C  3 NA
4  D NA  4

5.2.6 重塑

将数据集从宽格式转为长格式，可以用函数 reshape() 实现，反之，亦然。

# 长格式
df3 <- data.frame(
  extra = c(0.7, -1.6, -0.2, -1.2, -0.1, 3.4),
  group = c("A", "A", "A", "B", "B", "B"),
  id = c(1, 2, 3, 1, 2, 3)
)
# 长转宽
reshape(df3, direction = "wide", timevar = "group", idvar = "id")

  id extra.A extra.B
1  1     0.7    -1.2
2  2    -1.6    -0.1
3  3    -0.2     3.4

# 也可以指定组合变量的列名
reshape(df3, direction = "wide", timevar = "group", idvar = "id",
        v.names = "extra", sep = "_")

  id extra_A extra_B
1  1     0.7    -1.2
2  2    -1.6    -0.1
3  3    -0.2     3.4

提取并整理分组线性回归系数。函数 split() 将数据集 iris 按分类变量 Species 拆分成列表，函数 lapply() 将线性回归操作 lm() 应用于列表的每一个元素上，再次用函数 lapply() 将函数 coef() 应用于线性回归后的列表上，提取回归系数，用函数 do.call() 将系数合并成矩阵，最后，用函数as.data.frame() 转化成数据框。

s1 <- split(iris, ~Species)
s2 <- lapply(s1, lm, formula = Sepal.Length ~ Sepal.Width)
s3 <- lapply(s2, coef)
s4 <- do.call("rbind", s3)
s5 <- as.data.frame(s4)
s5

           (Intercept) Sepal.Width
setosa        2.639001   0.6904897
versicolor    3.539735   0.8650777
virginica     3.906836   0.9015345

do.call(
  "rbind",
  lapply(
    lapply(
      split(iris, ~Species), lm,
      formula = Sepal.Length ~ Sepal.Width
    ),
    coef
  )
)

           (Intercept) Sepal.Width
setosa        2.639001   0.6904897
versicolor    3.539735   0.8650777
virginica     3.906836   0.9015345

5.3 data.table 操作

掌握此等基础性的工具，再去了解新工具也不难，更重要的是，只要将一种工具掌握的足够好，也就足以应付绝大多数的情况。

介绍 data.table 基础语法，对标 Base R，介绍基础操作，同时给出等价的 dplyr 实现，但不运行代码。
data.table 扩展 Base R 数据操作，介绍常用的操作 8 个，讲清楚出现的具体场景，同时给出等价的 dplyr 实现，但不运行代码。
data.table 特有的高级数据操作 on、.SD 、.I 、.J 等。

5.3.1 筛选

data.table 扩展了函数 [ 功能，简化 iris$Species == "setosa" 代码 Species == "setosa"

iris_dt[Species == "setosa" & Sepal.Length > 5.5, c("Sepal.Length", "Sepal.Width")]

   Sepal.Length Sepal.Width
1:          5.8         4.0
2:          5.7         4.4
3:          5.7         3.8

5.3.2 变换

变换操作可以用函数 :=

iris_dt[, Species_N := as.integer(Species)]
str(iris_dt)

Classes 'data.table' and 'data.frame':  150 obs. of  6 variables:
 $ Sepal.Length: num  5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ...
 $ Sepal.Width : num  3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 3.1 ...
 $ Petal.Length: num  1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
 $ Petal.Width : num  0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ...
 $ Species     : Factor w/ 3 levels "setosa","versicolor",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Species_N   : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 - attr(*, ".internal.selfref")=<externalptr>

5.3.3 排序

排序操作可以用函数 order()

iris_dt[order(Sepal.Length, decreasing = FALSE)[1:3], ]

   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Species_N
1:          4.3         3.0          1.1         0.1  setosa         1
2:          4.4         2.9          1.4         0.2  setosa         1
3:          4.4         3.0          1.3         0.2  setosa         1

5.3.4 聚合

聚合操作用函数 .() 和 by 组合

iris_dt[, .(mean = mean(Sepal.Length)), by = "Species"]

      Species  mean
1:     setosa 5.006
2: versicolor 5.936
3:  virginica 6.588

5.3.5 合并

合并操作也是用函数 merge() 来实现。

dt1 <- data.table(a1 = c(1, 2, 3), a2 = c("A", "B", "C"))
dt2 <- data.table(b1 = c(2, 3, 4), b2 = c("A", "B", "D"))
# LEFT JOIN
merge(x = dt1, y = dt2, by.x = "a2", by.y = "b2", all.x = TRUE)

   a2 a1 b1
1:  A  1  2
2:  B  2  3
3:  C  3 NA

# RIGHT JOIN
merge(x = dt1, y = dt2, by.x = "a2", by.y = "b2", all.y = TRUE)

   a2 a1 b1
1:  A  1  2
2:  B  2  3
3:  D NA  4

# INNER JOIN
merge(x = dt1, y = dt2, by.x = "a2", by.y = "b2", all = FALSE)

   a2 a1 b1
1:  A  1  2
2:  B  2  3

# FULL JOIN
merge(x = dt1, y = dt2, by.x = "a2", by.y = "b2", all = TRUE)

   a2 a1 b1
1:  A  1  2
2:  B  2  3
3:  C  3 NA
4:  D NA  4

5.3.6 重塑

将数据集从宽格式转为长格式，可以用函数 dcast() 实现，反之，可以用函数 melt() 实现。

# 长格式
dt3 <- data.table(
  extra = c(0.7, -1.6, -0.2, -1.2, -0.1, 3.4),
  group = c("A", "A", "A", "B", "B", "B"),
  id = c(1, 2, 3, 1, 2, 3)
)
# 长转宽
dcast(dt3, id ~ group, value.var = "extra")

   id    A    B
1:  1  0.7 -1.2
2:  2 -1.6 -0.1
3:  3 -0.2  3.4

类似 Base R，也用 data.table 来实现 iris 分组线性回归

iris_dt[, as.list(coef(lm(Sepal.Length ~ Sepal.Width))), by = "Species"]

      Species (Intercept) Sepal.Width
1:     setosa    2.639001   0.6904897
2: versicolor    3.539735   0.8650777
3:  virginica    3.906836   0.9015345